Eretta come cappella della Confraternita di Santa Maria della Pietà, con il privilegio di essere edificata nel Duecento nell’abside e dietro l’altare maggiore della primitiva Cattedrale eretta nel 1266, l'attuale chiesa di San Luigi Gonzaga è stata nel corso dei secoli scenario di ripetute ricostruzioni legate in larga parte agli eventi sismici che interessarono la città e, in secondo luogo, ad esigenze di natura funzionale per la migliore fruibilità degli edifici circostanti.

Fu definitivamente demolita quando, nel XIX secolo, si è costruito l’attuale complesso che comprende l’Episcopio, il palazzo della Curia e l'ex Seminario, per giungere nel XX secolo alle ultime fasi di ristrutturazione. Il corpo di fabbrica è prepotentemente incastonato nell'impianto volumetrico degli edifici adiacenti, sicché si presta alla vista soltanto la facciata che prospetta la strada interna sotto gli spogli contrafforti e l'alta testata del transetto meridionale della Cattedrale elevandosi nel sobrio plasticismo che lascia esporre, fuori del piano intonacato, il gioco ritmato delle paraste architravate dalla trabeazione su cui imposta un ordine superiore a continuazione del sottostante partito centrale, che nel definire la faccia anteriore del tiburio accoglie l'ampia finestratura ad arco ribassato. Delle antiche memorie resta a testimonianza il cospicuo portale barocco in pietra, alto su scalea, dal pronunciato profilo curvilineo sulla cui chiave imposta lo stemma crociato della Confraternita.

Aula unica a pianta centrale coperta a pseudocupola, l'interno, si sviluppa radialmente dilatandosi ai quattro vertici in vani espansi rettangolari voltati a botte e raccordati reciprocamente da intercolumni concavi, spartiti in alzato da sinuose tribunette e balconate. Detti invasi radiali, ad esclusione di quello d'ingresso che resta sotteso dalla sbalzante cantoria, accolgono l'altar maggiore coronato da semicalotta decorata con motivo plastico diagonale di cassettoncini con rosoni al di sotto della quale campeggia la tela del Bedeschini, e i laterali che espongono, all'interno di scenografie borrominiane in stucco, tele del Cesura e del Monaldi.