La dimensione dell’intervento,che mirò a configurarsi quale nuova emergenza nel cuore della città,fu tale da determinare la chiusura di una strada,via Forcella,e l’apertura di un’altra ,via Camponeschi,coinvolgendo nelle nuove costruzioni ben tre isolati abitativi.

Ricostruito il lungo e laborioso iter di progettazione,che dalla fine del ‘500,per tre successive proposte,portò alla soluzione architettonica finale tanto per il collegio come per la chiesa.

Una delle prime proposte la conosciamo solo tracciata a schizzo, senza annotazione di data né di autore. Per la chiesa si tracciava un disegno a fundamentis, una nave con tre cappelle per lato tenute da brevi intercolumni ,transetto sporgente con due altre cappelle,ed abside quadrata.

La seconda proposta è un vero progetto e prevedeva una chiesa affatto diversa dalla precedente, di forma rettangolare, dimensionata sul rapporto 1:2,con due sole cappelle per lato e la navata scandita dalla travata ritmica,più la cupola a calotta esterna, come s’è detto, e con fronte a due ordini, volute accartocciate sulle ali,il tutto coronato da timpano triangolare.

L’ultimo progetto, è quello che poi si realizzò sebbene in maniera largamente incompiuta,l’ attuale. La chiesa, costituita dal solo piedi croce ma con una cappella in più per lato rispetto al progetto del 1625, fu impostata su un sito ulteriormente diverso da quelli contemplati nelle precedenti proposte, e finalmentefu quello della chiesa di Santa Margherita.

Al principio i lavori doverono procedere spediti se già nel 1637 si stringeva accordo per la fornitura delle pietre bianche del Poggio. Ma in seguito la vicenda edilizia andò per le lunghe :nel 1641 era arricciata, con altare e quadri finiti, solo la cappella della Trinità-Sacra Famiglia, che fu completata nel 1647 con stuccatura dell’arco e  della cornice.

Le volumetrie a capanna della chiesa si sollevano sul costruito adiacente quanto basata per imporvisi, la nave emergente connettendosi ai corpi inferiori delle coperture cappellari mediante le volute di contrafforti appiattiti.

La facciata al grezzo, il cui “non finito” ha assunto ormai valore urbano, si sposa coi caratteri prospettici civili circostanti.

L’interno si offre monumentale e grandioso nel suo genere,e per questo lo si avverte come compresso, a causa del piatto diaframma murario posto ad interromperne provvisoriamente, come sé detto, la naturale espansione presbiteriale ed absidale. Esso consiste in una sala centrale, sotto volta a botte lunettata e travata ritmica, dilatata in alvei laterali di tre cappelle per parte pausate da intercolumni, il tutto organizzato nella intelaiatura classica di paraste corinzie scanalate,trabeazioni ed archeggia ture.

Una capricciosa, densa decorazione plastica sei e settecentesca si vede applicata sulle pareti interne e sulle volte delle cappelle.